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核苷酸原料:DNA/cDNA的半抗原标记-生物素和地高辛

发布时间:2024-04-07 分享到:

半抗原生物素(Biotin)和地高辛(Digoxin)是生成核酸探针中常用的标签之一,这是因为它们具有安全性、稳定性和便利性。


这些标签可以通过标记核苷酸直接引入到DNA和RNA中,使用生物素化/地高辛化的核苷酸或合并带有活性基团的核苷酸类似物后进行生物素化/地高辛化酶促反应。标记后的探针可以通过与链霉亲和素(HRP)、碱性磷酸酶(AP)或荧光染料结合的生物素标记进行检测,另外,地高辛化则一般通过与HRP或AP修饰的抗体结合进行可视化。

对于大多数应用来说,生物素是首选标签。然而,在某些情况下,生物样本中内源性的生物素可能会干扰检测,导致高背景或甚至假阳性。在这些情况下,建议使用地高辛,这是一种仅在洋地黄植物中存在的类固醇。

Biotin.png

  

核酸标记是通过体外聚合反应实现的,例如聚合酶链反应(PCR)。四种天然脱氧核苷酸(dNTPs)或核苷酸(NTPs)中的一种(或多种)被部分替换为带有连接物的类似物,该连接物将标签连接到核苷酸部分的特定位置。这要求核苷酸类似物与聚合酶以及目标序列兼容。由于这种兼容性取决于:1)被替换的核苷酸类型和连接物附着位置,2)连接物的类型(结构)以及连接物的长度。

理论上,可能存在非常多的类似物。然而,在实践中,这被减少到一组已被证明对大多数都能产生良好标记结果的类似物。特别突出的类似物是在其5位被修饰的尿苷三磷酸,其次是5位被修饰的胞苷三磷酸,以及在7-去氮或N6位置有替换的腺苷三磷酸。关于连接物的类型(结构),脂肪族氨基烯丙基、炔丙基氨基和氨基己基连接物已被证明不会参与Watson-Crick碱基配对,因此能够产生良好的杂交结果。

Watson-Crick.png

  

除了连接物的结构,连接物的实际长度也显著影响探针的产量、标签的结合以及标签可视化的灵敏度和可重复性。一般来说,短连接物会产生丰富的探针产量,但可能会阻碍标签的结合和/或探针表面标签的充分可及性,而长连接物则会增加标签对检测试剂的可及性,但会导致探针产量降低。目标是在结合率和检测效率之间达到合适的平衡,这通常通过使用11个原子或16个原子的连接物来实现。

Biotin-4-dUTP.png


Biotin-11-dUTP.png


Biotin-16-dUTP.png


Biotin-18-dUTP.png


在1 kb的PCR实验中(使用1ng的λ DNA,将TTP替换为生物素-dUTP的比例为0-100%),随后通过Southern Blotting和通过Streptadvidin-HRP检测生物素(Biotin),标签的结合显著依赖于连接物的长度。虽然在这个特定的实验中,4个原子和18个原子的连接物显示出极弱的标记,但Biotin-11-dUTP和Biotin-16-dUTP显示出显著更高的灵敏度,并且能够容忍更广泛的dTTP替换范围。


DNA/cDNA标记(DNA/cDNA Labeling):

通过标准的酶促技术,如聚合酶链反应(PCR)、缺口翻译(Nick Translation)、引物延伸(Primer Extension)或末端脱氧核苷酸转移酶(Terminal deoxynucleotidyl Transferase,简称TdT)介导的3'端标记和逆转录(cDNA探针),可以生成随机和定点生物素化/地高辛化的DNA和cDNA探针。DNA探针标记主要通过PCR、缺口翻译或引物延伸进行,并应用于原位杂交或DNA微阵列技术。3'端标记的典型应用包括TUNEL(凋亡的原位定位)或电泳迁移率变化实验(EMSA)实验。逆转录法标记cDNA通常用于基因表达分析的DNA实验中。

cDNA Labeling.png

 

Jena Bioscience提供了多种具有不同连接体长度的半抗原标记的((d)d)NTP类似物,这使得能够为特定应用选择合适匹配的产品。


用于DNA标记的生物素化核苷酸:

DNA标记cDNA 标记
核苷酸货号PCRNT引物延申3' 末端标记RT
dUTP
Biotin-11-dUTPNU-803-BIOX√1,2√2√2√2√2
C5 position
Biotin-16-dUTPNU-803-BIO16√1,2√2√2√2√2
C5 position
dCTP
Biotin-11-dCTPNU-809-BIOX√1,2√2√2√2√2
C5 position
Biotin-16-dCTPNU-809-BIO16√1√2√2√2√2
C5 position
Biotin-14-dCTPNU-956-BIO14-√2√2n/an/a
N4 position
dATP
Biotin-7-dATPNU-835-BIO-√2√2√-n/a
N6 position
Biotin-14-dATPNU-835-BIO14-√2√2n/an/a
N6 position
Desthiobiotin-7-dATPNU-835-Desthiobio-n/a√2n/an/a
N6 position
Biotin-11-dATPNU-1175-BIOX√1,2√2√2n/a√2
7-Deaza position
dGTP
Biotin-11-dGTPNU-1615-BIOXn/an/an/an/an/a
7-Deaza position
ddUTP
Biotin-11-ddUTPNU-1619-BIOX---√2-
C5 position
ddATP
Biotin-11-ddATPNU-1612-BIOX---√2-
7-Deaza position

 

用于DNA标记的地高辛/二硝基苯酚修饰的核苷酸:


DNA 标记cDNA 标记
核苷酸货号PCRNT引物延申3' 末端标记RT
dUTP
Digoxigenin-11-dUTPNU-803-DIGX√1,2√1,2√2√2√2
C5 position
Aminoallyl-dUTP-DNPNU-803-DNP√1n/an/an/an/a
C5 position
ddUTP
Digoxigenin-11-ddUTPNU-1619-DIGX---√2-
C5 position


特殊备注说明:

PCR: Polymerase chain reaction with Taq Polymerase(Taq聚合酶的聚合酶链式反应);

NT: Nick Translation with DNAse I / DNA Polymerase I(DNA酶I/DNA聚合酶I的Nick翻译);

Primer Extension: Primer Extension with Klenow 3'-5'exo-(Klenow 3'-5'exo-引物延伸法);

3'-End Labeling: Incorporation with Terminal deoxynucleotidyl Transferase (TdT)(掺入末端脱氧核苷酸转移酶(TdT));

RT: Reverse Transcription with Moloney Murine Leukemia Virus Reverse Transcriptase (MMLV RT)(用莫洛尼鼠白血病病毒逆转录酶(MMLV RT)进行逆转录).

1: in-house tested(内部测试)

2: external reference (see datasheet)(外部参考(见数据表))

n/a: no data available(无资料)

- : not applicable(不适用)